水中微生物檢測主要針對擬用作飲用水或飲用水的樣品進行，檢測的目的是判斷水是否可以飲用。水中存在的細菌主要有三種類型：
1、水中自身攜帶的細菌；
2、土壤中常駐菌；
3、寄生于人和其他動物腸道的正常菌。
水中的主要細菌通常是革蘭氏陰性菌(包括假單胞菌、黃色桿菌、噬菌體菌、不動菌、色素桿菌等)，但也有革蘭氏陽性菌)棒狀桿菌、微球菌、桿菌。水中少數細菌不易培養，但多可在CPS培養基等低濃度培養基上生長。
水中大多數微生物不能在標準營養瓊脂或平板計數瓊脂上生長。這些微生物的最佳生長溫度在25以下。此外，在平板培養14d營養瓊脂或平板計數瓊脂上生長的細菌數量往往只有在CPS培養基上生長數量的1/10。土壤中的常駐菌被雨水沖洗后，在溪流、池塘等處。這些細菌包括芽孢桿菌、鏈霉菌和腸桿菌科的腸桿菌。它們的最佳生長溫度為25左右，可以在營養瓊脂或平板計數瓊脂上生長。
CPS培養基上活菌計數的結果取決于水樣的來源。未受污染河水樣本在平板上生長的菌落數量相對較少，約為100個/mL。暴雨后大量土壤微生物被河水沖刷，但平板菌落數量的多少取決于河水的溫度。
城鎮下游水樣中細菌數量普遍較多，部分原因是污水和工業用水排入河流。城鎮河流入口處取水樣檢驗，細菌數量超過106/mL，但一般受污染河流細菌數量約104~2X105/mL的未污染湖泊和水庫菌落總數一般不超過100個/mL，該數值受水溫影響未受污染深井水正常情況下，菌落總數約在100個/mL以下，發生污染，如井漏，菌落數可能較高，但一般仍以104個/mL以下平板計數瓊脂時，菌落總數。
